まず、script.aculo.usより必要なファイルをダウンロードします。
ダウンロードしたら、prototype.jsを含め、jsファイルを全て /webroot/js/ 配下に設置します。

コントローラ

    var $helpers = array('Javascript', 'Ajax');

ビュー

<?php echo $javascript->link('prototype') ?>
<?php echo $javascript->link('scriptaculous') ?>

これでajaxを利用する準備はOKです。